Fødselaren har forsket i klimaforandringer og gennem eksperimenter og modeller undersøgt de processer i Jordens atmosfære og oceaner, der har betydning for klimaændringer.
I sin forskning har han bidraget med prognoser for fremtidens klima til den seneste rapport fra FNs Klimapanel samt gransket i fortidens klimaændringer.
Han vandt prisen for Årets Danske Forskningsresultat 2016 for sit arbejde med klimaet ved overgangen mellem tidsaldrene Palæocæn og Ecocæn for 56 millioner år siden.
Jens Pepke Pedersen er en flittigt benyttet kommentator og foredragsholder. Privat er han gift med Kate, som er gymnasielærer. Parret har tre børn og et barnebarn, der blev født i sommer
