Fødselaren startede sine studier på jura ved Københavns Universitet, men skiftede snart til nærorientalske sprog og kulturer. Hans studier omfattede assyriologi, egyptologi såvel som koptisk og lingvistik.
Efter at have fået universitetets guldmedalje for sit speciale om nyegyptisk grammatik i 1971, blev han i 1973 viceinstitutleder på egyptologi og senere institutleder.
En skelsættende begivenhed for dansk egyptologi var sammenlægningen med assyriologi og nærorientalsk arkæologi; en proces, der i 1982 førte til dannelsen af Carsten Niebuhr Instituttet for nærorientalske studier (CNI), hvor fødselaren tog initiativ til instituttets internationale bogserie.
Instituttet er senere lagt sammen med andre fag, men bogserien består og Paul John Frandsen fungerer fortsat som hovedredaktør. Der er til dato udkommet knapt et halvt hundrede bind i serien.
Efter sin fratræden har han fortsat sit egyptologiske virke, både gennem offentlige foredrag og sit engagement i Dansk Egyptologisk Selskabs bestyrelse.
