Fødselaren var indtil sin pensionering 1. februar 2012 professor i systematisk teologi på Aarhus Universitet, hvor han påbegyndte sine teologiske studier i 1962 – altså 50 år med teologien.
1991-99 var Viggo Mortensen direktør for den teologiske studieafdeling i Det lutherske Verdensforbund (LWF), hvor det var hans opgave at arbejde med at igangsætte studieprocesser i de unge protestantiske kirker, mange af dem i udviklingslande.
Det gav ham et nært kendskab til udviklingen i den globale kirke. Det førte videre til, at han grundlagde et Center for Multireligøse Studier på Københavns Universitet, som indledte kortlægningen af den voksende religiøse pluralisme, også herhjemme.
Siden har Viggo Mortensen været optaget af at reflektere over, hvad dette ændrede religiøse landsklab betyder for kristendommens fremtid, både globalt og lokalt.
Ved sin pensionering udgav han en 500 siders håndbog i mission "Hvad hjertet er fuldt af". Det er et af de første forsøg på dansk på at sammenfatte de problemer, der rejser sig i forbindelse med kirkens mission og kristendommens udbredelse.
Siden 2008 har han boet på Ærø sammen med sin hustru, Doris Ottesen, der er fortæller og forfatter. Fødselaren har to børn fra et tidligere ægteskab, nemlig Birgitte, som er filminstruktør, og Jannick, der er konsulenrt, samt tre børnebørn.
