Museveni fik over 60 procent af stemmerne ved valget i februar.
Ved valget i februar fik oppositionsleder Kizza Besigye omkring 35 procent af stemmerne, viser de officielle resultater. Besigye og hans stab hævder, at der har fundet omfattende valgsvindel sted.
De bliver til dels bakket op af internationale observatører og menneskerettighedsgrupper, der siger, at der var store uregelmæssigheder i forbindelse med valget.
Det lykkedes kun for Besigye at indgive en formel klage over valget med hjælp fra tidligere premierminister Amama Mbabazi.
Men Musevenis valgsejr blev blåstemplet af en domstol, der afgjorde, at den mangeårige leder blev valgt på retfærdig vis. Samtidig fastsatte domstolen torsdag 12. maj som hans indsættelsesdato.
Som forberedelse til ceremonien, der markerer Musevenis sjette embedsperiode, var sikkerheden strammet op omkring hovedstaden Kampala.
Soldater i stort antal var sat ind i og omkring Kampala, og flere store indfaldsveje til hovedstaden var spærret af.
Besigye og flere andre ledende skikkelser fra oppositionen har været under husarrest en stor del af tiden siden februar.
Sociale medier blokeret
Dagen inden Museveni skulle indsættes, havde landets valgkommission beordret alle sociale medier blokeret.
Det betød, at det var umuligt at komme på Facebook, Twitter, WhatsApp og andre netbaserede, sociale medier.
Blokeringen er et déjà vu for uganderne, som oplevede de sociale medier lukke helt ned i fire dage i forbindelse med valget i februar.
I sidste uge forbød den ugandiske informationsminister alle medier fra at dække oppositionens protester op til indsættelsen af Museveni, skriver Global Voices. Ministeriet havde meddelt, at det forbud også kunne komme til at omfatte sociale medier.
Under lukningen i forbindelse med valget i februar fandt mange brugere andre veje, så de alligevel kunne benytte sig af Facebook, Twitter og andre netsteder. Det fik tidligere i denne uge ugandiske medier til at viderebringe ubekræftede meldinger om, at landets teleudbydere havde fået besked på om nødvendigt at lukke helt ned for internetforbindelsen i landet for at undgå eventuelle uroligheder ved indsættelsen af Museveni.
Omar al-Bashir og kritik af ICC
Torsdagens ceremoni havde deltagelse af repræsentanter for blandt andet Etiopien, Somalia, Tchad, Sudan, Sydsudan, Tanzania og Zimbabwe.
Ceremonien fik en del opmærksomhed i de internationale medier, dog ikke så meget fordi Ugandas præsident gennem 30 år nu kunne fortsætte i en sjette embedsperiode og dermed fastslår sin position som en af dinosaurerne i afrikansk politik.
Det var der to grunde til, forklarer den amerikanske ambassade over for den ugandiske avis New Vision.
Dels tilstedeværelsen af Sudans præsident, Omar al-Bashir, som Den Internationale Straffedomstol (ICC) i Haag har udsendt en arrestordre på for hans rolle i folkedrabet i Darfur.
