Fødselaren blev cand.scient. i organisk kemi fra Københavns Universitet i 1970 og ph.d. i Experimental Pathology i 1975 fra universitetet i Kenyas hovedstad, Nairobi.
I 1990 fulgte udnævnelsen til professor i miljømedicin ved Aarhus Universitet, en stilling han lod sig pensionere fra i 2015.
Autrups forskning har koncentreret sig om miljøfaktorers rolle i udviklingen af kroniske sygdomme. Siden 2000 har han anvendt sin erfaringer fra adskillige videnskabelige udvalg ved undervisning i risikovurdering af kemiske stoffer i Afrika, Sydamerika og Sydøstasien.
Herman Autrup er permanent tilknyttet Princess Chulabhorn Institute i Bangkok som professor, underviser og vejleder af studerende og er ligeledes professor på Pretoria University i Sydafrika. Disse aktiviteter fortsættes som professor emeritus.
I 2009 modtog han den thailandske Princess Chulabhorns guldmedalje for sine uddannelsesbestræbelser i verdens u-lande samt forskning i disse nationers miljøproblemer.
