Fødselaren arbejdede i 1970erne og begyndelsen af 80erne med sandtransport i floder og studerede bl.a. dannelse af sandbanker i flodbunden og hvordan floder slynger sig.
Senere blev også sandtransport langs kyster inddraget som forskningsobjekt og Fredsøe har bl.a. beskæftiget sig med kysters og revlers dynamik og bølgers evne til at få sand transporteret på tværs af og langs kysten. I 1985 blev han dr.techn. indenfor disse emner.
Han har derudover arbejdet med kystsikrings-metoder samt brugt kræfter på offshore-konstruktioner og udskæring (erosion) omkring disse nede i havbunden.
Jørgen Fredsøe har været udsendt af Verdensbanken på projekter i bl.a. Kina (Den gule Flod) og Nepal og Bangladesh (Brahmaputra) i forbindelse med dæmnings- og broprojekter.
Senest har han været involveret i opbygning af et flod-laboratorium i den fattige nordindiske delstat, Bihar.
Fredsøe blev stærkt udfordret fagligt, da han fra 2005 over en fem-årig periode som konsulent for Kystdirektoratet blev involveret i et i medierne omdiskuteret projekt om et slidset rørs evne til at kystsikre.
Han stoppede sit aktive virke på Danmarks Tekniske Universitet (DTU) i Kgs. Lyngby nord for København for to år siden.
